Fondé en 1977, le musée est installé au coeur de la Vieille Ville de Genève. Il a pour vocation de conserver, d'étudier et de publier une collection commencée par Josef Mueller dès 1907 et poursuivie jusqu'à nos jours par ses héritiers.

Le Musée d'ethnographie de Genève, fondé par le professeur Eugène Pittard, s'est développé autour de sept départements scientifiques consacrés aux cultures d'Afrique, d'Amérique, d'Asie, d'Europe et d'Océanie, ainsi qu'à l'anthropologie visuelle et à l'ethnomusicologie.

Le Musée d'ethnographie de Neuchâtel est renommé loin à la ronde pour ses expositions temporaires.